凤凰山国家森林公园生态系统原始、完整、多样，为众多的野生动植物生存繁衍提供了理想的栖息地。据调查，公园内有高等植物112科940种，其中，国家重点保护野生植物红豆杉、红松、紫椴、黄菠萝、水曲柳、钻天杨、野大豆7种。区内共有脊椎动物31目78科343种，其中兽类6目17科51种、鸟类16目42科210种、爬行类2目3科13种、两栖动物2目6科10种、鱼类5目10科59种。国家一级保护野生动物有东北虎、紫貂、原麝、金雕、白鹳、黑鹳和中华秋沙鸭7种，国家二级保护野生动物有斑羚、棕熊、马鹿等33种。丰富的生物多样性显示了该保护区具有重要的保护价值和科学研究价值。另外。公园内河网密布，水质良好，是拉林河重要源头之一。